Nhiều người nuôi chim yến cho rằng, phương pháp thu hoạch tổ yến là cả một nghệ thuật, cân bằng giữa việc tăng số lượng tổ yến và ổn định thu nhập cho người nuôi. Thu hoạch tổ yến đòi hỏi nhiều kĩ thuật bởi nếu thu hoạch không đúng thời điểm hay sai cách sẽ khiến cho năng suất đạt được không cao và có thể ảnh hưởng đến chất lượng tổ yến. Thu hoạch tổ yến cần tuân theo những quy định nhất định:
Thu hoạch vào lúc chim đang nghỉ vì sẽ làm xáo trộn cuộc sống của chim. Thời gian lí tưởng để thu hoạch tổ yến là 9h00 -15h00 là lúc chim đi kiếm thức ăn.
Thời điểm thu hoạch cũng là lúc kiểm tra và loại bỏ các yếu tố gây hại đối với chim.
Để cho tổ yến không bị gãy thì trước khi lấy đi thì phải phun nước xung quanh chỗ tổ gắn vào xà thanh gổ. Tiếp đến dùng dao mỏng để thu hoạch.
Hiện nay có 3 phương pháp được sử dụng để khai thác tổ yến:
Phương pháp thu hoạch tổ yến trước khi chim yến đẻ trứng là cách làm phổ biến. Lý do mà phương pháp thu hoạch tổ yến này được ưa chuộng là do lúc này tổ yến sẽ sạch sẽ và không có bụi, lông hay phân yến…. Đồng thời, lúc này do thời gian làm tổ ngắn nên nếu yến thấy tổ của mình bị mất sẽ ngay lập tức xây lại cái mới.
Ưu điểm là Tổ yến thu hoạch bằng phương pháp này sẽ rất sạch, rất ít lông yến, bụi bẩn bám vào tổ giúp tổ yến dễ làm sạch tổ và tiêu thụ.
Nhược điểm của phương pháp thu hoạch tổ yến này là tổ yến được thu hoạch sẽ mỏng và nhẹ hơn do thời gian làm tổ ngắn. Đặc biệt, chim bố mẹ phải tức tốc xây lại một tổ mới để kịp sinh sản, do đó sẽ ảnh hưởng rất lớn đến sức khỏe của chim bố mẹ do phải tiết ra một lượng lớn nước bọt để xây tổ mới và liên tục. Do kiệt sức để xây tổ mới dẫn đến quá trình chăm sóc chim non cũng bị ảnh hưởng, chim non yếu và dễ chết hơn. Dẫn đến ảnh hưởng đến số lượng chim yến, số lượng đàn trong nhà yến sẽ tăng chậm.
Phương pháp thu hoạch tổ yến khi yến đã đẻ được 2 quả trứng trong tổ giúp tối đa số lần thu hoạch tổ yến đến 4 lần/ năm. Phương pháp này rất ít được các nhà yến áp dụng vì nó làm giảm số lượng chim yến trong nhà yến rất nhanh do không có chim non để tăng bầy, chim bố mẹ sẽ bỏ đi tìm môi trường sống khác tốt hơn. Và trên hết là phản lại tính nhân văn trong nghề nuôi yến.
Ưu điểm của phương pháp thu hoạch tổ yến này là tổ yến có sự hoàn thành hơn về mặt cấu trúc, đồng thời tổ yến cũng dày hơn phương pháp trên.
Nhược điểm là số lượng chim yến nuôi trong nhà nuôi yến sẽ bị giảm đi vì không có trứng đẻ nở ra những con chim yến non.
Đây là phương pháp thu hoạch tổ yến được áp dụng bởi Yến Thanh và phần lớn các nhà nuôi yến vì tính nhân đạo. Phương pháp này giúp nhà yến tăng số lượng bầy đàn nhanh chóng, những người thu hoạch tổ yến theo phương pháp này được xem là nuôi yến có chiều sâu trong việc bảo tồn chim yến.
Ưu điểm của phương pháp thu hoạch tổ yến này là số lượng yến trong nhà sẽ tăng lên vì chứa một lượng lớn những chim non và chúng sẽ tiếp tục xây nên các tổ mới.
Nhược điểm là tổ yến sau khi được thu hoạch sẽ rất bẩn vì chứa nhiều lông, vỏ trứng, thức ăn của yến và các tạp chất khác Người dùng phải vất vả hơn để lọc ra tổ yến.
Nuôi yến là một nghề mang tính nhân văn sâu sắc, giúp bảo tồn và phát triển số lượng đàn chim yến. Bảo vệ và phát triển số lượng chim yến cũng là vấn đề mấu chốt để có một nhà yến thành công.